Zerom, les monstres qui mangent les Spiria des individus ou des cœurs se sont répandus dans le monde entier, par conséquent, des armes appelaient Soma ont été créés dans le but de bannir la Zerom. Les personnes qui possèdent Soma sont également capables d'entrer dans le Maze Spir de quelqu'un.
Kohaku Haatsu , qui se trouve être le réceptacle de Richia Supodyuun , était à la recherche d'un Soma avec son frère, Hisui Haatsu . En chemin, un ennemi, Inkaroozu les agresse, mais ils parviennent à s'échapper. Ils sont regroupés dans un petit village de Seeble, où ils rencontrent le protagoniste, Shingu Meteoraito . Là, Shingu a pris soin de chacun d'eux et leur a présenté le Soma qu'ils cherchaient.

Pendant ce temps, Incarros fait une apparition une fois de plus, cette fois, elle parvient à attaquer Kohaku, et grand-père Shing, Zeks. Avec son Soma, Shingu a l'intention d'aller dans Spir Maze de Kohaku afin de la guérir, mais son plan échoue, et le Spiria de Kohaku finit par se briser en morceaux qui sont réparties dans le monde entier. A partir de là, l'aventure de Shingu pour récupérer les Spirunes de Kohaku commence. Pendant ce temps, Shingu lie d'amitié avec plusieurs autres compagnons et a ainsi surmonter de nombreux obstacles. Au cours de ses voyages, Shing découvre de plus en plus sur le monde, Richia, Spirunes et Zerom.

Finalement, il est révélé que Kuriido Gurafaito , le chef de Quartzia , était caché à l'intérieur de Shingu et est finalement tirée par Inkaroozu. L'ancien système de défense Gardenia est relancé, mais Kuriido est choqué par sa nature. Avec l'aide de Karusedonii Aakamu et son Spiria, Shingu et l'équipe sont capables d'infiltrer Gardenia et de vaincre Kuriido, mais par le sacrifice. En conséquence, Gardenia est détruite, et Kuriido et Flora sont tués dans le processus.